Amélie là con thứ tư của Tướng quân Eugène de Beauharnais, Công tước xứ Leuchtenberg và vợ là Auguste của Bayern. Cha cô là con trai của Joséphine de Beauharnais và người chồng đầu tiên của cô, Tử tước Alexandre de Beauharnais. Khi Joséphine tái hôn với Napoléon Bonaparte, Eugène được vị hoàng đế tương lai này nhận làm con nuôi và sau phong làm Phó vương của Vương quốc Ý. Mẹ của Amélie là con gái của vua Maximilian I Joseph của Bayern với người vợ đầu tiên của ông là Auguste Wilhelmine xứ Hessen-Darmstadt.[5] Trong số các anh chị em của Amélie có Joséphine xứ Leuchtenberg, hoàng hậu của Thuỵ Điển với tư cách là vợ của Vua Oscar I, và Auguste de Beauharnais, Công tước thứ 2 của Leuchtenberg, là chồng của Nữ vương Maria II của Bồ Đào Nha. Hoàng đế Napoleon III của Đệ Nhị Đế chế Pháp là em họ đầu tiên của Amélie.

Sau thất bại của Napoléon Bonaparte vào năm 1814, Eugène de Beauharnais, được cha vợ của mình phong tước hiệu Công tước xứ Leuchtenberg, định cư ở Munich. Mẹ của Amélie là Vương nữ Auguste của Bayern, đã đồng ý hôn sự giữa Amélie với Hoàng đế Brasil, để đảm bảo quyền lực của Nhà Leuchtenberg được nâng lên địa vị hoàng gia.[5]